El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows asegura a los jugadores que elegir un solo protagonista no afectará significativamente su experiencia. El juego presenta dos personajes jugables: Naoe, una femenina Shinobi, y Yasuke, un samurai africano histórico, cuya inclusión ha generado una discusión previa a la liberación.
Surgieron preocupaciones de que centrarse en un personaje podría conducir a elementos de la historia perdidos o un juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: alterna entre personajes, jugando 3-5 horas con una antes de cambiar a la otra durante 2-3 horas.
Sin embargo, Dumont aclaró que los jugadores no serán desfavorecidos significativamente al favorecer a un personaje. Si bien cada protagonista cuenta con secuencias de apertura únicas y historias personales, la narrativa central se adapta a la elección del jugador. Anima a los jugadores a jugar como su personaje preferido:
"No creo que te pierdas mucho. Depende de tu estilo de juego. Experimente y vea cómo el juego se ajusta a tu selección de personajes. Cada héroe tiene su propia introducción y misiones, pero la experiencia principal sigue siendo adaptable. Elige tu favorito, y la historia hará lo mismo ".