O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico, cuja inclusão gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar a elementos ou jogabilidade perdidos. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele alterna entre os personagens, jogando de 3 a 5 horas com um antes de mudar para o outro por 2-3 horas.
No entanto, Dumont esclareceu que os jogadores não serão significativamente desfavorecidos, favorecendo um personagem. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa principal se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a interpretar como seu personagem preferido:
"Eu não acredito que você perderá muito. Depende do seu estilo de jogo. Experimente e veja como o jogo se ajusta à seleção de seu personagem. Cada herói tem sua própria introdução e missões, mas a experiência principal permanece adaptável. Escolha o seu favorito, e a história seguirá o exemplo. "