Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che la scelta di un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sulla loro esperienza. Il gioco presenta due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, la cui inclusione ha generato discussioni pre-release.
Sono sorse le preoccupazioni che concentrarsi su un personaggio potrebbero portare a elementi o gameplay mancati. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: alterna tra i personaggi, giocando 3-5 ore con uno prima di passare all'altro per 2-3 ore.
Tuttavia, Dumont ha chiarito che i giocatori non saranno significativamente svantaggiati favorendo un personaggio. Mentre ogni protagonista vanta sequenze di apertura uniche e trame personali, la narrativa principale si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a giocare come personaggio preferito:
"Non credo che ti perderai molto. Dipende dal tuo stile di gioco. Sperimenta e vedi come il gioco si adatta alla selezione del tuo personaggio. Ogni eroe ha la propria introduzione e missioni, ma l'esperienza principale rimane adattabile. Scegli il tuo Preferito e la storia seguirà l'esempio ".