De hoofdontwikkelaar van Assassin's Creed Shadows verzekert spelers dat het kiezen van een enkele hoofdrolspeler hun ervaring niet significant zal beïnvloeden. De game bevat twee speelbare personages: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai, wiens inclusie de discussie voor de release heeft gegenereerd.
Er ontstonden bezorgdheid dat de focus op één personage kan leiden tot gemiste verhaalelementen of gameplay. Creatief directeur Jonathan Dumont ging over deze zorgen, die zijn eigen evenwichtige aanpak beschrijft: hij wisselt af tussen personages, speelt 3-5 uur met één voordat hij 2-3 uur naar de andere overschakelt.
Dumont verduidelijkte echter dat spelers niet significant worden benaderd door één personage te begunstigen. Terwijl elke hoofdrolspeler unieke openingssequenties en persoonlijke verhaallijnen heeft, past het kernverhaal zich aan de keuze van de speler aan. Hij moedigt spelers aan om te spelen als hun favoriete personage:
"Ik geloof niet dat je veel zult missen. Het hangt af van je speelstijl. Experimenteer en kijk hoe de game zich aanpast aan je karakterselectie. Elke held heeft zijn eigen introductie en missies, maar de belangrijkste ervaring blijft flexibel. Kies je Favoriet, en het verhaal volgt. "